Gastrite atrófica, incluindo as induzidas por Helicobacter pylori, levam a hipocloridria, com conseqüente aumento da flora aeróbica e anaeróbica na porção alta do tubo digestivo e redução da absorção do cálcio e vitamina D. As bactérias anaeróbicas desconjugam sais biliares levando a deficiência de solubilização de vitamina D e baixa captação do cálcio.
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